Su sexto puesto en Liga durante la temporada 1999-2000 le dio derecho a participar en la Copa de la UEFA, competición en la que llegó a la final tras eliminar a equipos como el Inter de Milán, camiseta selección japón Rosenborg o el Rayo Vallecano -el club madrileño sucumbió en cuartos de final-. Pero como consecuencia del descenso administrativo del Elche CF por problemas económicos, equipacion portugal el equipo guipuzcoano se mantuvo en Primera. Ese mismo año, falleció el capitán y uno de los símbolos del equipo, Dani Jarque, a la edad de 26 años.
