Al final el equipo quedó en el 7ª puesto y por tanto fuera de competición europea. La campaña no empezó nada bien para el equipo de Espárrago al perder en casa 1-3 frente al Atlético y dos jornadas después caer goleado 6-2 en el Bernabéu. Una de las pocas alegrías fue la victoria 2-1 en casa contra el Real Madrid en la 11ª jornada con goles de Penev y Robert, vengando así la humillación sufrida en el torneo veraniego. ↑ «Real Madrid: fiesta del fútbol en honor a la paz en Israel con una goleada del Campeón de Liga». El segundo año de la etapa Roig supuso otra revolución en la plantilla buscando el Valencia campeón que prometió. La intervención del gobierno valenciano como avalista hizo que se nombraran nuevos patronos en la Fundación para tener un mayor control sobre la refinanciación de la deuda. Finalmente el 24 de febrero se acordó la creación de una Comisión Gestora para la venta, con unos criterios de selección y con un representante de las 4 partes implicadas: el Valencia CF, la Fundación VCF, Bankia y la Generalitat. Con él se gana la Supercopa de Europa pero no termina la temporada 2004-2005 por los malos resultados y empieza una etapa mucho más gris para la entidad.
Todo esto lo dejó en la puerta de salida del torneo, aunque los otros resultados del grupo (entre ellos Nigeria ganándole a Islandia) abrieron la posibilidad de pasar a octavos de final si ganaba su último encuentro de la serie. ↑ «Chile sufrió, pero ganó a Australia y se suma a Holanda como líder del Grupo en el Mundial». Roberto Gil volvía a hacerse cargo del equipo las últimas nueve jornadas y dejó al club en el 14º puesto. En 1959, José Manuel Moreno se convirtió en entrenador de Argentina, aunque no pasó mucho tiempo con el equipo. Entre las novedades estuvieron el delantero brasileño Viola, Patxi Ferreira, Sietes, Eskurza, Iñaki y José Ignacio. Rusia. La mayoría de las selecciones de Adidas presentan uniformes inspirados en modelos pretéritos. El control accionarial del club queda en manos de la Fundación Valencia CF con el 72% de acciones al comprar (gracias a un préstamo de Bancaja avalado por el gobierno valenciano) todas las acciones no vendidas al público. Europa League pero se queda fuera de los puestos Champions.
La temporada siguiente se contrató a Unai Emery con el objetivo de volver a la Champions League, objetivo que no se alcanzó hasta dos años después. Romario se lesionó en un partido del Trofeo Naranja, equipaciones futbol lo cual le apartó de los terrenos de juego hasta dos meses y viajó a Brasil a recuperarse. Romario estaba encantado con su regreso al tener buena amistad con Jorge Valdano y encajar en su idea de juego. Tras una nefasta temporada, el técnico Jorge Valdano pidió a Paco Roig en el verano de 1997 una casi total renovación del vestuario, y así fue. En su debut en la primera fase, Argentina superó 3-1 a Corea del Sur, con el duplicado tanto de Jorge Valdano y el único de Oscar Ruggeri. El entrenador siguió siendo Di Stéfano, demostrando así su compromiso con el club a pesar de tener ofertas de clubes de Primera. A pesar del pobre bagaje el club decidió continuar con Pako Ayestaran al frente del equipo. Para ello se reformó casi al completo el equipo entre la dirección deportiva encabezada por Rufete y el máximo accionista, Meriton Holdings. Rufete y Juan Antonio Pizzi antes de terminar 2013. La renovación en el área deportiva culmina con 6 bajas y 5 incorporaciones en la plantilla durante el mercado de invierno.
El equipo dirigido por Unai Emery logró disputar cada temporada la Liga de Campeones, mientras el club incorporaba futbolistas jóvenes o poco conocidos que hacían disminuir el nivel de la plantilla. Originalmente cuando la pelota salía de los límites del terreno el primer equipo que la tocara accedía a un tiro libre, independientemente de que futbolista hubiera lanzado el balón afuera. Se trata de la primera cara nueva del equipo madrileño. La primera mitad de los años 2000 suponen la culminación de la nueva época dorada del Valencia CF. Ghilas viene de jugar el año pasado en el Córdoba en Primera división. Decisión acertada a posteriori, ya que a continuación llegaron tres victorias consecutivas para terminar el año. En la segunda parte el calor de la mañana se convirtió en una espectacular tormenta que no se vivía desde hacía treinta años en la capital. El nuevo presidente elegido es Arturo Tuzón el 3 de junio de 1986, con una política de austeridad, rectitud, pero también mucho corazón, logró una paulatina recuperación económica. Se inicia una profunda renovación en prácticamente todas las áreas y la política del club con Amadeo Salvo como presidente, como la marcha de los capitanes Albelda y Soldado, por el cual pagan su cláusula de rescisión.