El 5 de agosto, el Bayern ganaría la Supercopa de Alemania 2017 por sexta vez, en una tanda de penaltis contra el Borussia Dortmund. Con Heynckes nuevamente al mando, el club logró reponerse y rápidamente escaló hasta la cima de la liga, en la cual se proclamaron campeones por sexta vez consecutiva. Sin embargo, pudo conseguir su 9.° título consecutivo de liga, y además, Robert Lewandowski rompió el récord de más goles en una temporada de liga de Gerd Müller después de anotar 41 veces. El club siguió con su buen andar en liga y alcanzó su octavo título consecutivo, así como también la copa nacional, siendo el decimotercer doblete en la historia del club. En 1977, el Colonia volvió a levantar la Copa y, al año siguiente, consiguió el doblete. Con la victoria, el Bayern ganó su decimonoveno título en este torneo y su duodécimo doblete doméstico. En la Liga de Campeones, el Bayern alcanzaría la semifinal tras derrotar 8:2 al Barcelona, siendo este el peor resultado continental para el club español.
Sin embargo, solo hizo tres apariciones con el club de La Liga antes de regresar al Camp Nou. El jugador de 24 años ha impresionado con el ‘Submarino Amarillo’ esta temporada, haciendo 33 apariciones de 38 posibles en La Liga. Se espera que mejore sus 11 apariciones en la Bundesliga, ya sea en Mönchengladbach o en la capital. El gran rival del Bayern es el Borussia Dortmund, con el que disputa el partido conocido como «Der Klassiker» —trad. Para la Bundesliga, en cambio, el Dortmund ha ganado un nuevo patrocinador que es el proveedor de internet 1&1. El director administrativo del Dortmund, Hans Joachim Watzke, ha calificado el modelo de «innovador». El nuevo entrenador del Tottenham, Nuno Espirito Santo, y el director general de fútbol, Fabio Paratici, están trabajando en sus planes para el verano y, evidentemente, Muldur es parte de la conversación. El 31 de julio, Hasan Salihamidžić fue presentado como nuevo director deportivo.
En marzo de 2019, el club anunció el fichaje de Lucas Hernández del Atlético de Madrid por una tarifa récord tanto del club como de la liga por € 80 millones. En la Liga de Campeones de la UEFA el club fue eliminado por el Liverpool en los octavos de final, siendo la primera vez desde 2011 que el Bayern no llegaba a la instancia de cuartos de final. Posteriormente el Bayern falló en la defensa del título de la Liga de Campeones al quedar eliminado por gol de visitante ante el París Saint-Germain. El 6 de noviembre, en su primer partido en el cargo, vencería al Olympiacos 2:0 en un partido de la fase de grupos de la Liga de Campeones. La primera temporada de Niko Kovač no empezó muy bien, ya que el Bayern se quedó atrás del Borussia Dortmund en la liga durante la primera mitad de la temporada.
Después de las vacaciones de invierno, el Bayern acortó rápidamente la distancia y se ubicó en el primer lugar de la liga. El único problema es que era imposible comprar pantalones cortos azules durante la primera década de 1900, por lo tanto, el Bayern se vio obligado a usar pantalones cortos negros —a los cuales llamaban «azul marino»—. La historia del uniforme del Bayern en realidad es bastante «caótica», —tanto así que la combinación actual de colores del club no estaba en los planes originales al momento de su fundación—. Es por ello que los fundadores del club establecieron el uso de dichos colores en el emblema del club, así que decidieron utilizar camisetas blancas y pantalones cortos azules. A Pogba, de 28 años, le queda un año en su contrato en Old Trafford, pero dijo en una conferencia de prensa el mes pasado que no le han ofrecido un nuevo contrato.